Wojna domowa od wielu wieków trwa
Fabuła Marvel Ultimate Alliance 2 za bazę swoich wydarzeń bierze słynną wojnę domową jaka zaistniała w uniwersum Marvel w roku 2006 {Ciekawostka- Śmierć jednego z bohaterów poruszana była nawet w Wydarzeniach telewizji Polsat}. Ci którzy nie zagłębili się w ten cykl komiksowy powinni jednak odnaleźć się bez problemu w świecie gry. W skrócie: Tragedia (612 ofiar śmiertelnych) powoduje przegłosowanie ustawy o obowiązkowym zarejestrowaniu się wszystkich zamaskowanych (mają być urzędnikami państwowymi niczym nauczyciele). Uosobienie amerykańskiego stylu życia z jego wszystkimi swobodami- Kapitan Ameryka staje na czele tych którzy nie godzą się na podanie swoich danych osobowych i pozbawienie praw obywatelskich. Naprzeciw niemu występuje Ironman, który to staje się długim metalowym ramieniem sprawiedliwości w wersji ustawowej. Wydarzenia te w wyrażny sposób nawiązują do zamachu na World Trade Center i konsekwencji tego zdarzenia. Niestety developer postanowił dorzucić coś od siebie, i w pewnym momencie cała historia ucieka od pierwowzoru. Cały potencjał Marvel Ultimate Alliance zostaje zmarnowany w ostatnim akcie którego to zakończenie jest odmienne od tego słynnego komiksowego.

Wojna na gesty. Wojna na słowa



Kto nie idzie do przodu ten się cofa
Największą bolączką gry od Vicarious Visions jest brak postępu a wręcz cofnięcie się w stosunku do oryginalnego Marvel Ultimate Alliance. Rozwój postaci na który gracz nie ma praktycznie żadnego wypływu (nie możemy przypisać mocy do danego przycisku jak to było ostatnio). Każdy z dostępnych bohaterów/przestępców może odblokować 1 dodatkowy strój nie wpływający na rozgrywkę (poprzednia wersja umożliwiała odkrycie 3 kostiumów wpływających na statystyki postaci)